Projet professionnel :
"Avoir la possibilité de devenir
chef de projet en systèmes et logiciels
informatiques."
Développeur full stack :
"Mes expériences m'ont permis d'acquérir des compétences à tous les niveaux techniques de la création d'application web ou de logiciel.
Ainsi je peux intervenir dans la conception, le suivi de projet, le développement ou la mise à disposition d'un outil."
Développeur de logiciels scientifiques.
Création d'outils d'aide à l'interprétation de données relatives à la recherche dans le domaine des semences. De la collecte de données en laboratoires, l'analyse de données génotypiques et phénotypiques à la restitution de données relatives aux variétés mises sur le marché.
Mise en place de la méthode agile Scrum
2017 - 2020
MedDay Pharma
Ingénieur en bioinformatique.
Création d'outils d'aide à l'interprétation de données de métabolomique. Aide à l'interprétation de données de métabolomique sur les maladies neurodégénératives.
2016 - 2017
INRAE
MetExploreViz 3.0 :
Set style easier and to map data on many styles of nodes and edges.
It allows too to map several condition all at once.
New Gui to manage styles
Map data on each styles of nodes and edges
Map several condition at once
New GUI to manage continuous scale
Mapping of suggestions
User friendly GUI for basic interactions
MetExploreViz 2.0 :
Made a visualisation of metabolic networks ready to publish. Curvy drawing Detect and import cycle Edition mode for text and global style
Mapping of images
Mapping of suggestions
Discretisation of fluxes continuous values
It allows too to map several condition
2015 - 2016
INRAE
Intégration continue : Automatisation de la mise en production de MetExplore.
Implémentation du MetaboRank.
Sur le projet
pour construire une e-infrastructure complète et standardisée qui prend en charge les pipelines de traitement et d'analyse des données de phénotype moléculaire
générées par les applications de métabolomique.
Plateforme d’évaluation d'intéraction dans un environnement 3D
Recherche en IHM
Preuve de concept d'analyses de performances de sites web
Performances web
Asteroids
Jeu
OPAL GUI
Projet tuteuré
Interprétations de signatures métaboliques
Au travers des réseaux métaboliques.
Au cours de mes 3 années chez MedDay Pharma nous avons créé et optimiser le processus d'aide à l'interprétation de signatures métaboliques.
Ce processus utilise plusieurs outils que j'ai développé en étroite collaboration avec l'équipe de bioinformaticiens et de biologistes (incluse dans l'équipe MeX à l'unité ToxAlim) dirigé par Fabien Jourdan.
Category: Interprétation
MetExplore
Analyse des données omiques dans le contexte des réseaux métaboliques.
[MetExplore V2] offre une solution en gratuite ligne composée d'outils intéractifs pour l'analyse des réseaux métaboliques,
l'exploration du réseau et l'analyse des données en omique.
Il est notamment possible de d'importer, de stocker et d'annoter les réseaux métaboliques dans un environnement collaboratif.
L'exploration des réseaux est également facilitée dans MetExplore par un système de tableaux intéractifs reliés à un puissant module de visualisation des réseaux.
Enfin, la contextualisation des éléments métaboliques dans le réseau et le calcul de statistiques de surreprésentation permettent d'interpréter tout type de données en omique.
MetExplore est un projet durable maintenu depuis 2010 en libre accès à https://metexplore.toulouse.inrae.fr/metexplore2/ .
Centralité dans le contexte de l'analyse de signature métabolique.
Au vu de la complexité du réseau, il est nécessaire de prioriser les metabolites à explorer.
De ce fait le Dr. Frainay à implémenté un calcul de centralité, le MetaboRank, adapté aux réseaux métaboliques inspiré du Page rank de Google (permettant d'ordonner les sites web suggéré par son moteur de recherche).
Le MetaboRank est calculé à partir d'une sélection de métabolites.
Ce rang permet de prioriser les métabolites à explorer dans le cadre de l'interprétation d'une signature ou encore dans le cadre de la validation de l'extraction de données expérimentales lors de la création de la signature.
Langage: java
Refs: [MetaboRank] Clément Frainay et al. MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results. (2018). Bioinformatics. DOI
MetExplore Tools
Plus loins dans les réseaux métaboliques.
Durant mon contrat chez MedDay en collaboration avec l'INRAE j'ai développé plusieurs outils permettant d'amélioré l'analyse des données de métabolomique sur l'homme.
Extraction de sous réseau en prenant en compte les transitions carbonnées
Cet outil permet d'extraire un sous réseau du réseau métabolique global de l'homme à partir d'une sélection de métabolites.
Le sous réseau généré est constitué des plus courts chemins entre chaque paires de la liste de métabolites sélectionnés.
Client: Web
Langage: Java, Javascript, Slurm
Refs: Clément Frainay, Fabien Jourdan, Computational methods to identify metabolic sub-networks based on metabolomic profiles, Briefings in Bioinformatics. DOI
Reconstruction itérative guidée
Cet outil intéractif permet de reconstruire un sous réseau à partir d'une sélection de noeuds d'intêrets.
Il permet de parcourir le réseau en affichant les voisins d'un noeud lorsqu'on clique dessus.
Au vu de la complexité du réseau, il est nécessaire de prioriser les voisins à afficher.
De ce fait le MetaboRank de chaque noeuds est calculé et les noeuds avec les meilleurs rangs sont proposé en priorité.
L'utilisateur peut donc naviguer dans le réseau de manière guidé et/ou totalement libre.
Client: Web
Langage: Java, Javascript, Slurm
Refs: [MetaboRank] Clément Frainay et al. MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results. (2018). Bioinformatics. DOI
Mapping intéractif de données longitudinales
Cet outil a été créé dans le cadre d'un projet d'experimentation biologique.
Aux vues du type de données que nous avions, j'ai créé un outils permettant de visualiser les données pour chaque metabolites au court du temps.
Cette visualisation permet donc de voir les variations de manières animé et intéractive.
Client: Web
Langage: Javascript, SVG
Communications scientifques
Publications, Posters
5 publications dans des journaux internationaux :
MetExploreViz: Web component for interactive metabolic network visualization. DOI
MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results. DOI
MetExplore: Collaborative edition and exploration of metabolic networks. DOI
A Computational Solution to Automatically Map Metabolite Libraries in the Context of Genome Scale Metabolic Networks. DOI
1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol: Effect of probiotics supplementation. DOI
5 poster dans des congrès nationaux/internationaux :
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques 2015 Clermont-Ferrand.
Metabolomics Society 2016 Dublin.
Spectrométrie de Masse, Métabolomique et Analyse Protéomique 2017 Paris.
Journée Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et de fluxomique RFMF 2018 Liège.
Journée Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et de fluxomique RFMF 2019 Clermont-Ferrand.
Plateforme d’évaluation d'intéraction dans un environnement 3D
Recherche en Interface Homme Machine (IHM).
L'évolution des technologies du media pose énormément de question sur l'intéraction entre l'homme et la machine.
Lors de ce stage volontaire au sein de l'équipe ELIPSE à l'IRIT, j'ai développé une application mobile permettant d'évaluer différents types d'intéraction dans un environnement 3D.
Le but étant de sélectionner le plus facilement des sphères dans cet environnement.
Technologies: Java, XML,OpenGLES
Client: Android
Preuve de concept d'analyses de performances de sites web
Lorem ipsum dolor sit amet consectetur.
Le stage que j'ai effectué dans la société Quandran avait pour but de faire la preuve de concept d'un outils d'analyses de performances de sites web
en fixant des criteres de qualité.
Technologies: Java "Swing", JSON, servlet, Tomcat
Methode: Agile
Asteroids
Jeu en java.
Voici un projet ludique que j'ai développé lors de mon année de licence informatique à Limoges.
Le but était de choisir et de développer un jeu classic de type jeu d'arcade.
J'ai donc choisit le jeu Astéroids réalisé en Novembre 1979 par Atari Inc.
Le joueur dirige un vaisseau spatial dans un champ d'astéroïdes qui est traversé périodiquement par des soucoupes volantes.
Le but du jeu est de détruire des astéroïdes sans entrer en collision avec ces derniers, ou être tué par les martiens.
Vous pouvez le télécharger.
Langage: Java
Category: Jeu
OPAL GUI
Projet tuteuré.
OPAL GUI est un projet que j'ai développé pendant ma 3ème année de licence Informatique. Mes collègues et moi devions développer une IHM pour utiliser la bibliothèque OPAL.
Pour résumer, OPAL (Open Platform Access Library) est une bibliothèque Java open source qui suit les spécifications Global Platform,
et offre plusieurs fonctions (manipulation de cap file , gestion de carte à puce,..).
Notre travail était de développer plusieurs fonctions: Processus d'authentification à la carte, installation d'une applet sur la carte, sélection d'une applet sur la carte, suppression d'une applet sur la carte, l'envoi d'APDU à applet.
Technologies: Java "Swing",JavaCard, Mercurial
Refs:OPAL: an open-source global platform Java Library which includes the remote application management over HTTP
